תוכנית בית המדרש מונהגת על ידי חנה דרייפוס, מחנכת, רכזת לימודי הקודש והחכמה (רב) של בית הספר. הרעיון להקים את תוכנית בית המדרש בפלך, נולד מתוך מחשבה שבתוך המסגרת הפורמאלית של הלימודים בבית הספר, נתפסים פעמים רבות לימודי הקודש כחלק ממחויבות לימודית וממילא חלק מהבנות מתקשות לפגוש בהם הזדמנות ללימוד תורה ולהתבוננות ולבניית הזהות הדתית שלהן.
חנה מספרת: הקמת בית המדרש לוותה אצלי בחששות רבים. כיצד והאם בתוך עומס הלימודים ימצאו הבנות זמן ללימוד נוסף שאין עליו תגמול ציוני? האם אצליח ליצור מסגרת שתכיל ותצליח לתת מענה לסגנונות ולחיפושים הדתיים השונים המצויים בתוך אוסף הבנות בפלך? האם נצליח ליצור מרחב לגיבוש של חבורה המורכבת מבנות בכיתות שונות היוצרות הווי משותף של כיף ושל עבודת ה'.
ב"ה ובסייעתא דשמיא דגולה, התוכנית פורחת ופועלת בשמחה ובעוצמה וכארבעים בנות מכל שכבות בית הספר מגיעות כמעט כל שבוע לתוכנית. בכל שבוע אני מתמלאת בהתרגשות ובשמחה מהמפגש הכן, החי והעשיר של חבורת בנות המבקשות להקדיש זמן ואנרגיה ללימוד תורה לשמה.
התוכנית מורכבת משיעור פתיחה שמועבר על ידי מרצה אורח. בכל שבוע השיעוא עוסק בנושא אחר. גם הטקסט הנלמד ופריזמת הלימוד מגוונים, החל מסוגיה תלמודית, דרך לימוד פרק בתנ"ך ועד ללימוד תורה חסידית.
לאחר השיעור הפותח מתקיים לימוד בחברותות. בהמשך מתקיימת ארוחת ערב משותפת וזהו זמן לצחוק וכיף משותף. בסוף הערב מתקיימות שתי קבוצות לימוד: האחת בגמרא והשנייה בחסידות, כאשר כל בת בחרה בתחילת השנה באיזה חבורה היא מעוניינת ללמוד. בחבורת הגמרא לומדות הבנות סוגיות פתיחה של מסכתות שונות כראי לתפיסת חז"ל את הנושא בו עוסקת המסכת. בחבורת החסידות לומדות הבנות מושגים בתפיסה החסידית תוך מפגש עם תורות חסידיות ברצף הדורות.