בית ספר פלך היה ממבשרי מהפכת לימודי הגמרא לנשים. זה למעלה משלושים שנה לומדות נשים גמרא בבית הספר וניגשות לבחינת הבגרות בתחום. בית הספר מקיים שתי מגמות ראשיות של לימודי יהדות – תנ"ך ותושב"ע.

כל תלמידה נדרשת לבחור באחד משני המקצועות, תנ"ך או תושב"ע, אותו היא לומדת כמקצוע מוגבר לקראת בגרות בהיקף של 5 יח"ל, ובמשנהו היא לומדת לקראת בגרות של 3 יח"ל. רצוי שהבחירה תיעשה בראש ובראשונה לפי נטית ליבה של התלמידה ומשיכתה לאחד מן המקצועות. למעוניינות תינתן אפשרות ללמוד בשני המסלולים המוגברים בשני המקצועות גם יחד.

תוכנית הלימודים בתושבע"פ גובשה ע"י צוות מורי בית הספר. היא כוללת יעדים מקצועיים לצד מטרות חינוכיות – ערכיות. בכל שנה נבנה נדבך נוסף של הקניית כלים, הרחבת ידע, הבנת סברא והעמקה, תוך התקדמות לקראת מטרת העל של המקצוע, אהבת לימוד תוך הגברת המעורבות במורשת חז"ל – תכניה וערכיה.

כל יחידת בגרות במסגרת לימודי תושבע"פ מכילה לימוד 6 – 8 דפי גמרא בעיון, כולל הרחבות ותוספות עיוניות, ראשונים ואחרונים, מאמרים מדעיים וביאור מילים ומושגי מפתח. טכניקת ההוראה של מורי בית הספר משלבת שיטות לימוד מגוונות. ספרי פרשנים ראשונים ואחרונים משמשים לצד מילונים ארמיים ומאמרים מחקריים ויוצרים לימוד מעניין ומתקדם.

אופיו של מסלול המוגבר נבדל מהמסלול הרגיל הן בהיקף הדפים שהתלמידות לומדות, הן בפריזמה המעמיקה יותר בה נידונה כל סוגיה והן בהקניית הכלים ללימוד עצמי והתחלת התמצאות ברוחבו ובעומקו של ים התושב"ע וספרות חז"ל.
תכנית המוגבר נכתבה ע"י צוות מורי בית הספר דרך המחלקה לתכניות ייחודיות במשרד החינוך והיא מפגישה את הבנות בסוגיות דתיות חשובות כגון: סמכותם של חכמים לתקן תקנות ולפרש את פסוקי התורה בשונה מפשטן, בעיות עגונות ומסורבות גט, יחסה של המציאות המשתנה לעולם הדתי ועוד.

תלמידה שתבחר במסלול המוגבר בתושב"ע תבחן בסוף כיתה י"א ובסוף כיתה י"ב על שתי יחידות לימוד בבחינה ייחודית שנכתבת ונבדקת ע"י צוות המורים שלה. במהלך החודשים הראשונים של כיתה י"ב תבחר התלמידה על פי נטיית ליבה וסקרנותה נושא בספרות חז"ל, אותו תלמד ותחקור על פי סגנון הלמידה האהוב עליה. הלימוד ייעשה בחלקו בעזרת מנחה אישי לכל תלמידה, כאשר בסופו של הלימוד תכתוב התלמידה מאמר מסכם שיהיה בעל ערך ליחידת לימוד אחת. במהלך החודשים הנוספים תלמד התלמידה במסגרת קבוצת המוגבר לקראת יחידת לימוד נוספת. נוסף לכך היא תבחן בסוף כיתה י"ב על יחידה חמישית העוסקת בהלכה ובמבוא לתושב"ע.
לעומתה, תלמידה שתסתפק בשלוש יחידות תושב"ע תבחן על יחידת לימוד אחת בלבד בגמרא בסוף כיתה י"ב.
הבחינות בשני המסלולים, הרגיל והמוגבר, הן בחינות ייחודיות הנכתבות על ידי מורי בית הספר ומאושרות על ידי הפיקוח של מקצוע התושב"ע.