בית ספר פלך היה ממבשרי מהפכת לימודי הגמרא לנשים ומקיים שתי מגמות ראשיות של לימודי יהדות – תנ"ך וגמרא. כל תלמידה נדרשת לבחור באחד משני המקצועות, תנ"ך או גמרא, אותו היא לומדת כמקצוע מוגבר לקראת בגרות בהיקף של 5 יח"ל, ובמשנהו היא לומדת לקראת בגרות של 3 יח"ל. רצוי שהבחירה תיעשה בראש ובראשונה לפי נטית ליבה של התלמידה ומשיכתה לאחד מן המקצועות.
תוכנית הלימודים בגמרא גובשה ע"י צוות מורי בית הספר. היא כוללת יעדים מקצועיים לצד מטרות חינוכיות-ערכיות. בכל שנה נבנה נדבך נוסף של הקניית כלים, הרחבת ידע, הבנת סברא והעמקה, תוך התקדמות לקראת מטרת העל של המקצוע – אהבת לימוד תוך הגברת המעורבות במורשת חז"ל, תכניה וערכיה.
כל יחידת בגרות במסגרת הלימודים כוללת בין 6– 8 דפי גמרא בעיון, כולל הרחבות ותוספות עיוניות, ראשונים ואחרונים, מאמרים מדעיים וביאור מילים ומושגי מפתח. מורי בית הספר משלבים שיטות לימוד מגוונות. ספרי פרשנים ראשונים ואחרונים משמשים לצד מילונים ארמיים ומאמרים מחקריים ויוצרים לימוד מעניין ומתקדם.
אופיו של מסלול המוגבר נבדל מהמסלול הרגיל הן בהיקף הדפים שהתלמידות לומדות, הן בפריזמה המעמיקה יותר בה נידונה כל סוגיה והן בהקניית הכלים ללימוד עצמי והתחלת התמצאות ברוחבו ובעומקו של ים התושב"ע וספרות חז"ל.
תכנית ההעמקה בגמרא מפגישה את הבנות בסוגיות דתיות חשובות כגון: סמכותם של חכמים לתקן תקנות ולפרש את פסוקי התורה בשונה מפשטן, בעיות עגונות ומסורבות גט, יחסה של המציאות המשתנה לעולם הדתי ועוד.
במהלך החודשים הראשונים של כיתה י"ב תבחר התלמידה על פי נטיית ליבה וסקרנותה נושא בספרות חז"ל, אותו תלמד ותחקור על פי סגנון הלמידה האהוב עליה. הלימוד ייעשה בחלקו בעזרת מנחה אישי לכל תלמידה, כאשר בסופו של הלימוד תכתוב התלמידה מאמר מסכם שיהיה שווה ערך ליחידת לימוד אחת. במהלך החודשים הנוספים תלמד התלמידה במסגרת קבוצת המוגבר לקראת יחידת לימוד נוספת. נוסף לכך היא תבחן בסוף כיתה י"ב על יחידה חמישית העוסקת בהלכה ובמבוא לתושב"ע.
לעומתה, תלמידה שתסתפק בשלוש יחידות תושב"ע תבחן על יחידת לימוד אחת בלבד בגמרא בסוף כיתה י"ב.
